Em meados do século 17, o navio do major-piloto inglês John Blackthorne naufraga próximo do Japão lançando-o, como único sobrevivente, à costa do país. Ele é acolhido pelos japoneses e rapidamente se dá conta das grandes diferenças culturais que o separam daquela civilização milenar. Pior, Blackthorne é pego no meio de uma guerra entre os clãs Toronaga e Ishido, que disputam entre si o título máximo do feudalismo japonês, Shogun. Resta a ele escolher um lado e se adequar ao seu novo mundo.