Fox Mulder (David Duchovny) e Dana Scully (Gillian Anderson) voltam a se unir para investigar o caso da agente do FBI Monica Bannan que, num piscar de olhos, em meio a um frio cortante e uma calma ilusória, é misteriosamente sequestrada. Obviamente este não é um sequestro comum, já que desafia os limites da ciência, do sobrenatural e dos aterrorizantes vácuos entre um e outro, revelando ser um caso digno dos tempos em que ambos atuavam no Arquivo X. No entanto, a busca pela mulher desaparecida também causará conflitos entre os parceiros.