Tom Jericho (Dougray Scott) é o matemático responsável pela descoberta do Enigma, um código secreto que os navios nazistas usavam para se comunicar durante a Segunda Guerra Mundial. Mas os nazistas alteram o código e o Serviço Secreto Britânico chama Tom para decifrá-lo novamente. Paralelamente, sua namorada Claire (Saffron Burrows) some misteriosamente e o Serviço Secreto parece muito preocupado com isso. Desesperado, procura Hester Wallace (Kate Winslet), melhor amiga de Claire, que começa a ajudá-lo. Enquanto sua equipe se empenha para descobrir a chave do novo código, Tom e Hester investigam o desaparecimento de Claire e, a cada pista, eles percebem que se trata de mais um enigma.