Lord Asriel (Daniel Craig) retorna para casa, uma universidade conceituada, onde vive também a sua sobrinha, Lyra Belacqua (Dakota Blue Richards). Na volta de brincar com seus amigos, Roger (Ben Walker) e Billy Costa (Charlie Rowe), Lyra acaba flagrando uma tentativa de envenenamento de seu tio por Fra Pavel (Simon McBurney), um emissário do Magisterial (um tipo de governo que tenta impedir que a verdade sobre as descobertas de Lord Asriel saia à tona). Depois de evitar que o tio fosse envenenado, Lyra acompanha Lord Asriel pedindo fundos para o conselho da universidade para que ele possa viajar para o extremo Norte do mundo para pesquisar uma manifestação documentada da “poeira” (substância que liga todos os seres). Segundo ele, pode-se tentar chegar aos outros mundos paralelos se essas manifestações forem investigadas. Depois que o tio consegue o apoio do conselho e viaja para o Norte, Lyra conhece a Marisa Coulter (Nicole Kidman), uma misteriosa e determinada conhecida do Mestre (Jack Shepherd) que consegue convencê-lo a deixá-la levar a garota para uma viagem para o Norte também.